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快速使用指南

2020年10月12日 09:49

用戶登錄

1.下載并安裝SSH登錄軟件,推薦軟件列表參見:http://www.bjjinguang.com/info/1146/1774.htm

2.使用您注冊郵箱收到的賬戶信息及主機(端口)信息進行登錄。Linux服務器通常在輸入密碼時,終端不會有任何顯示,輸入完成后回車即可

注:僅限校內網絡登錄,校外使用需通過VPN。

作業提交

本計算平臺采用slurm作業調度系統,除本文提到的slurm命令外,其它命令及功能均可通過互聯網或slurm使用文檔獲取。以lammps計算為例:

(1)準備lammps算例文件,如本集群的測試案例:

cp /public/examples/lammps/in.indent ./

(2)復制作業模板到計算任務目錄:

cp /public/job_templates/lammps_slurm.sh ./

說明:目錄/public/job_templates存放的是常用的作業模板,用戶可以復制模板,通過修改參數后使用。

模板說明:

#!/bin/bash

#SBATCH -o Lammps.%j.out ##作業的輸出信息文件

#SBATCH -J Lammps ##作業名

#SBATCH -p cpuQ ##使用cpuQ計算隊列

#SBATCH --nodes=2 ##申請2個節點

#SBATCH --ntasks-per-node=48 ##每節點運行48個任務(每節點調用48核)

srun hostname>./hostfile.txt ##生成MPI運行需要的hostfile

source /public/software/intel/intel2019/bin/iccvars.sh intel64 ##啟用Intel MPI

LMP=/public/software/lammps-3Mar20/lmp_intel_cpu_intelmpi ##定義執行文件

mpirun -machinefile=./hostfile.txt -np $SLURM_NTASKS $LMP -i in.indent ##執行

(3)提交作業

sbatch lammps_slurm.sh

執行提交后,將返回一個作業ID

(4)查看已提交的作業運行狀態

squeue

(5)刪除作業

scancel作業ID

其他常用的Slurm調度系統命令

sinfo:查看集群計算資源情況

sacct:查看歷史作業完成情況

srun:提交交互式作業

注:請勿在登錄節點直接運行計算