用戶登錄
1.下載并安裝SSH登錄軟件,推薦軟件列表參見:http://www.bjjinguang.com/info/1146/1774.htm
2.使用您注冊郵箱收到的賬戶信息及主機(端口)信息進行登錄。Linux服務器通常在輸入密碼時,終端不會有任何顯示,輸入完成后回車即可
注:僅限校內網絡登錄,校外使用需通過VPN。
作業提交
本計算平臺采用slurm作業調度系統,除本文提到的slurm命令外,其它命令及功能均可通過互聯網或slurm使用文檔獲取。以lammps計算為例:
(1)準備lammps算例文件,如本集群的測試案例:
cp /public/examples/lammps/in.indent ./
(2)復制作業模板到計算任務目錄:
cp /public/job_templates/lammps_slurm.sh ./
說明:目錄/public/job_templates存放的是常用的作業模板,用戶可以復制模板,通過修改參數后使用。
模板說明:
#!/bin/bash #SBATCH -o Lammps.%j.out ##作業的輸出信息文件 #SBATCH -J Lammps ##作業名 #SBATCH -p cpuQ ##使用cpuQ計算隊列 #SBATCH --nodes=2 ##申請2個節點 #SBATCH --ntasks-per-node=48 ##每節點運行48個任務(每節點調用48核) srun hostname>./hostfile.txt ##生成MPI運行需要的hostfile source /public/software/intel/intel2019/bin/iccvars.sh intel64 ##啟用Intel MPI LMP=/public/software/lammps-3Mar20/lmp_intel_cpu_intelmpi ##定義執行文件 mpirun -machinefile=./hostfile.txt -np $SLURM_NTASKS $LMP -i in.indent ##執行 |
(3)提交作業
sbatch lammps_slurm.sh
執行提交后,將返回一個作業ID
(4)查看已提交的作業運行狀態
squeue
(5)刪除作業
scancel作業ID
其他常用的Slurm調度系統命令
sinfo:查看集群計算資源情況
sacct:查看歷史作業完成情況
srun:提交交互式作業
注:請勿在登錄節點直接運行計算